Các cơ quan chủ quản cơ sở dữ liệu quốc gia được đề xuất xây dựng mới, hoặc điều chỉnh, bổ sung trình cấp thẩm quyền ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền các văn bản quy phạm pháp luật về cơ sở dữ liệu quốc gia do mình chủ trì; xác định đặc điểm, thuộc tính dữ liệu của cơ sở dữ liệu quốc gia theo nguyên tắc không chồng lấn thông tin với cơ sở dữ liệu quốc gia đã hoạt động; rà soát, đối chiếu dữ liệu đối với các cơ sở dữ liệu thành phần cơ sở dữ liệu quốc gia mà không thuộc phạm vi quản lý của mình.

Để vận hành cơ sở dữ liệu quốc gia, các cơ quan chủ quản thường xuyên rà soát, hiệu chỉnh, cập nhật cơ sở dữ liệu quốc gia thông qua quy trình, thủ tục hành chính bảo đảm tính kịp thời, chính xác, phản ánh đầy đủ thông tin biến động và yếu tố thời gian của dữ liệu; kiểm tra định kỳ việc thực hiện các giải pháp, biện pháp bảo mật cơ sở dữ liệu quốc gia, tuân thủ các tiêu chuẩn kỹ thuật về an toàn, an ninh thông tin và phù hợp với đặc điểm, tính chất và giá trị thông tin được lưu trữ. Có giải pháp đồng bộ về sao lưu, dự phòng, khắc phục sự cố, phục hồi dữ liệu, các giải pháp kỹ thuật khác về bảo đảm hiệu suất vận hành và sẵn sàng hệ thống ở mức độ cao.

Đối với việc cập nhật cơ sở dữ liệu quốc gia, các cơ quan chủ quản tiếp nhận, xử lý các yêu cầu khai thác cơ sở dữ liệu quốc gia của tổ chức, cá nhân dưới các hình thức tra cứu thông tin trực tuyến, biểu mẫu điện tử trên cổng thông tin điện tử chính thức hoặc theo phiếu yêu cầu cung cấp thông tin tại bộ phận tiếp nhận; Hướng dẫn tổ chức, cá nhân kết nối các hệ thống thông tin của mình vào cơ sở dữ liệu quốc gia để truy nhập, trao đổi và chia sẻ dữ liệu.

Bộ Thông tin và Truyền thông hướng dẫn việc thi hành pháp luật liên quan đến cơ sở dữ liệu quốc gia; phối hợp với các cơ quan chủ quản xây dựng, ban hành các quy chuẩn, tiêu chuẩn, phương án kỹ thuật và hướng dẫn việc thực hiện kết nối các hệ thống thông tin, cơ sở dữ liệu vào cơ sở dữ liệu quốc gia bảo đảm sự tương thích, thông suốt và an toàn thông tin; thẩm định thiết kế sơ bộ các dự án xây dựng cơ sở dữ liệu quốc gia…