Ngày 30/12/2015, Bộ Y tế đã phê duyệt Kế hoạch ứng dụng và phát triển công nghệ thông tin của Bộ Y tế năm 2016 theo Quyết định số 5614/QĐ-BYT. Theo đó, mục tiêu tổng quát là xây dựng, phát triển các hệ thống thông tin phục vụ trực tiếp người dân, doanh nghiệp, công tác chỉ đạo, điều hành tại cơ quan Bộ Y tế và các đơn vị trực thuộc, đáp ứng yêu cầu tăng cường, nâng cao hiệu quả, hiệu lực công tác quản lý, chỉ đạo, điều hành và chất lượng các dịch vụ y tế, phục vụ tốt người dân và doanh nghiệp, đảm bảo tính tích hợp hệ thống. Cụ thể, trong năm 2016 – Bộ Y tế tập trung triển khai hệ thống quản lý văn bản điện tử đến tất cả các đơn vị thuộc và trực thuộc Bộ Y tế, các Sở Y tế, cơ quan quản lý y tế các ngành và kết nối liên thông với Văn phòng Chính phủ, đảm bảo 100% cán bộ, công chức, viên chức thuộc Bộ Y tế sử dụng thử điện tử trong công việc. Đồng thời, công tác chỉ đạo điều hành các lĩnh vực quản lý hành chính quan trọng như quản lý cán bộ, đảng viên, tài chính - kế toán,… tại Bộ Y tế và các đơn vị thuộc, trực thuộc đều được thực hiện trên môi trường điện tử.

Đối với ứng dụng CNTT phục vụ người dân và doanh nghiệp, tỉnh đặt mục tiêu phấn đấu xây dựng tất cả các dịch vụ công tại Bộ Y tế đạt trực tuyến mức độ 3 trở lên, trong đó ít nhất có 10% dịch vụ công đạt mức độ 4; Xây dựng hệ thống Hải quan một cửa Bộ Y tế, kết nối Hải quan một cửa quốc gia theo đúng kế hoạch của Chính phủ; Bộ Y tế và 100% các cơ quan thuộc, trực thuộc Bộ của trang/cổng thông tin điện tử cung cấp, cập nhật đầy đủ thông tin theo quy định; có 80% bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế có hệ thống xếp hàng tự động.

Đối với các ứng dụng thông tin chuyên ngành, Bộ phấn đấu đến hết năm 2016 có 100% bệnh viên trực thuộc Bộ sử dụng hệ thống thông tin quản lý bệnh viện  (HIS), trong đó 30% bệnh viện tích hợp hệ thống quản lý xét nghiệm (LIS) với hệ thống HIS; 100% bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế kết xuất được thông tin khám chữa bệnh bảo hiểm y tế theo yêu cầu đầu ra do Bộ Y tế ban hành và kết nối liên thông dữ liệu phục vụ công tác giám định với cơ quan Bảo hiểm xã hội; 50% đơn vị trực thuộc Bộ xây dựng hệ thống thông tin tích cực phục vụ công tác quản lý, điều hành và chuyên môn chủ yếu của đơn vị; Các bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế và các bệnh viên trực thuộc các thành phố lớn xây dựng và vận hành hệ thống tư vấn khám, chữa bệnh từ xa, ưu tiên 5 chuyên khoa theo Quyết định số 774/QĐ-BYT ngày 11/3/2013 của Bộ Y tế phê duyệt Đề án bệnh viện vệ tinh giai đoạn 2013-2020.

Bên cạnh đó, Bộ cũng chú trọng công tác đảm bảo cơ sở hạ tầng kỹ thuật, tạo nền tảng phát triển y tế điện tử, Chính phủ điện tử; Đảo bảo nhân lực duy trì hoạt động liên tục, ổn định, chính xác, an toàn, bảo mật các hệ thống thông tin, các ứng dụng của Bộ Y tế và các hệ thống có quy mô toàn ngành Y tế; Có 90% cán bộ, công chức lãnh đạo tại Bộ Y tế được cấp phát chữ ký số chuyên dùng.